El origen de la advocación parece tener su origen en un momento indeterminado del siglo XV cuando, de forma semejante a otras apariciones marianas de la época –un ejemplo sería la Virgen de la Fuensanta-, se aparece la virgen en las ramas de una encina a un pastor de la villa de Pedroche. Cuenta la leyenda que el pastor intentó llevar la virgen a su pueblo, pero que ésta siempre volvía al lugar de la aparición, con lo cual se tomó la decisión de construir allí mismo una ermita para que la virgen dispusiera de un lugar digno. Eso es lo que cuenta la leyenda, y como tal es lo que se ha trasmitido hasta nosotros. La cuestión es que, hubiera aparición o no, en esa época se construye una ermita en medio de la dehesa de encinas, en el mismo lugar en el que se encuentra ahora. El nombre de Virgen de Luna, se debe a que aparece una media luna a los pies de la virgen, lo que parece ser un símbolo de la derrota de los musulmanes a manos de los cristianos. Esto se explica debido a que la aparición se produce en una época en la que eran frecuentes las luchas entre unos y otros, principalmente en una zona fronteriza como era el reino de Córdoba.
Os preguntaréis a qué se debe que la misma patrona sea compartida por dos pueblos, algo que no es demasiado frecuente. Esto es debido a que antiguamente la zona formaba una misma unidad administrativa y territorial, llamada las Siete Villas de los Pedroches, con capital en la villa de Pedroche durante la época que hablamos –aunque posteriormente pasaría la capitalidad a Torremilano y Pozoblanco-. Por tanto, el territorio no estaba dividido como sucede ahora, y la ermita se enclavaba en terrenos que eran comunes a todas las villas. Aunque la devoción empezó siendo común a todas las villas, poco a poco las más alejadas del lugar fueron perdiéndola a favor de otras vírgenes más cercanas, quedando definitivamente en manos de tres, a saber, Pedroche, Pozoblanco y Villanueva de Córdoba. La primera de ellas dice la tradición que un año, debido a las inclemencias del tiempo, no se presentó en la fecha indicada a recoger a la virgen, con lo cual perdió su derecho a llevarla, quedando definitivamente como hoy día, con el patronazgo de Pozoblanco y de Villanueva, que la comparten por igual a lo largo del año.
Y esa es la historia, un poco abreviada, del origen de la advocación de la Virgen de Luna.