Su origen está en el deseo del cardenal don Pedro de Salazar y Toledo, a principios del siglo XVIII, de crear un colegio que acogiese a los niños del coro de la catedral, para lo cual dispone de unos cuantiosos fondos y de unas casas cerca de la catedral. Justo por esos años se desencadena en la ciudad una grave epidemia de peste, debido a la cual el concejo de la ciudad ruega a don Pedro de Salazar que destine los fondos del colegio a la creación de un hospital en el que cuidar a los numerosos afectados por la epidemia. El cardenal accede al cambio de usos y se inicia la construcción del edificio, que queda concluido en el año 1724 en el estilo barroco que podemos contemplar en la actualidad.
El nuevo hospital, pese a no ser el único de la ciudad, ya que en esa época existían más centros asistenciales, debido al pequeño tamaño de éstos y a su falta de financiación, se convierte desde el primer momento en el principal y más grande hospital de Córdoba durante muchos años, conociéndose con el nombre de hospital de Agudos. Esa importancia la pierde a mediados del siglo pasado, cuando se construye la ya desaparecida Residencia del Teniente Coronel Noreña, que supone una revolución en la asistencia sanitaria de la ciudad, y provoca la decadencia del antiguo hospital, que subsiste hasta principios de la década de 1970. En esos años, la recientemente creada Universidad de Córdoba se hace cargo del edificio y sitúa en él la Facultad de Filosofía y Letras y Derecho –esta última se separa posteriormente para situarse en el antiguo convento del Carmen-, función que aún mantiene en la actualidad.
Unida a este edificio, pero con un origen muy diferente y mucho más antiguo, se encuentra la capilla de San Bartolomé. Se trata de una capilla de origen gótico-mudéjar, de finales del siglo XIV o principios del XV, que formaba parte de una iglesia más amplia, de la que aún pueden verse restos en la portada exterior o en las arcadas del atrio actual. Se trataría de la parroquia de San Bartolomé, creada en el año 1399 como parroquia del recién creado barrio del Alcázar Viejo y del antiguo barrio de la Judería, pero esa es una historia muy larga que habrá que contar en otro momento.
